どこにお問い合わせするべきか分からず教えてください 
現在他社のレンタルサーバーを契約し、メールをIMAPで約500GBで運用しています。
サービス契約容量制限があるため、移行できるサーバーを検討中なのですが、さくらインターネットで検討する場合はどのプランを選べばよいでしょうか？
既に確認済みかもしれませんが、SSDの容量が500GB以上で提供されているさくらのレンタルサーバシリーズは以下のようです。
- さくらのレンタルサーバ ビジネス :SSD容量 600GB
- さくらのレンタルサーバ ビジネスプロ ：SSD容量 900GB
- さくらのマネージドサーバ ミディアム：SSD容量 1TB
- さくらのマネージドサーバ ラージ ：SSD容量 2TB
質問内容を見る限り、業務や法人利用を検討されている感じかと思います。
であれば、メール送信件数の上限も見ておくとよいかと思います。
- ビジネスとビジネスプロプラン：250通/15分
- さくらのマネージドサーバ：600通/15分
ここに詳細載っています→ よくあるご質問
補足として、サーバーの移行作業は基本ご自身で行うかと思いますが、ビジネスなどのプランのを選択の場合は設定代行サービスもあるので、移行作業が大変だという場合には検討してみてもよいかもしれません。